Il 26 maggio 2005 Piergiorgio Odifreddi è stato insignito del titolo di Commendatore dell’Ordine al Merito della Repubblica Italiana con motu proprio del presidente della Repubblica Carlo Azeglio Ciampi.

Il 6 dicembre 2006 Petrus Georgius Odifreddi è stato redarguito ufficialmente dal Vaticano, insieme a Tinto Brass e Carla Bruni, con la reprimenda in latino Auditu horribilia.